Caracterización molecular de clones de theobroma cacao l., por medio de marcadores moleculares microsatélites

Abstract

ABSTRACT

Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho- gronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control.

Keywords:

Theobroma cacao L.

microsatélites

diversidad genética

fitomejoramiento

germoplasma

Theobroma cacao L

microsatellites

genetic diversity

phyto improvement

germoplasm

References

 Agrocadenas. (2005). La cadena de cacao en Colombia: Una mirada global de su estructura y dinámica. Documento de trabajo, 92. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural. Observatorio de Agrocadenas Colombia. pp. 4-5.

 Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., y Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32, 314-331.

CasaLuker. (2007).GranjaLuker. http://www.casaluker.com/espanol/granjaluker.html

 Cryer, N. C., Fenn, M. G., Tumbull, C. J., y Wilkinson, M. J. (2006). Allelic size standars and reference genotypes to unify international cocoa (Theobroma cacao L.) microsatellite data. Genetic Resources and Crop Evolution, 53, 1643-1652.

 Cuatrecasas, J. (1964). Cacao and its allies a taxonomic revision of genus Theobroma. Bulletin of the United States National Museum, Smithsonian Institution, Washington, USA.

 Doyle, J. J. (1991). DNA protocols for plants. En G. Hewitt, A. W. B. Johnson, y Young, J. P. W. (Eds.), Molecular Techniques in Taxonomy (pp. 283-293). NATO ASI Series H, Cell Biology Vol. 57.

 Doyle, J. J., y Doyle, J. L. (1990). A rapid total DNA preparation procedure for fresh plant tissue. Focus, 12, 13-15.

 Girón, C., Tortolero, J., y Sánchez, P. (2007). Theobroma cacao L. (Sterculiaceae) en la región nororiental de la Isla Margarita, Estado Nueva Esparta, Venezuela. PGR NEWSLETTER-FAO-IPGRI, 138, 1-4.

 Liu, J., y Muse, S. V. (2005). Power Marker: Integrated analysis environment for genetic marker data. Bioinformatics, 21(9), 2128-2129.

 Marcano. M., Morales, S., Hoyer, M. T., Courtois, B., y Risterucci, A. M. (2009). A genomewide admixture mapping study for yield factors and morphological traits in a cultivated coca (Theobroma cacao L.) population. Tree Genetics and Genomes, 5(2), 329-337.

 Márquez, M. P. (2003). Caracterización Molecular y Morfológica de progenies de árboles plus seleccionadas dentro del “Ensayo de procedencias y progenies de Cordia alliodora” de Cenicafé-Colombia. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Agricultura Ecológica, Centro Agronómico Tropical de investigadores CATIE, Escuela de Postgrado,Turrialba, Costa Rica. 80p.

 McCouch, S. R. (2002). A Laboratory Manual. Rice Laboratory, Department of Plant Breeding, Cornell University, 240 Emerson Hall, Ithaca, NY 14853, USA.

 Quiroz, J. G. (2002). Caracterización molecular y morfológica de genotipos superiores con características de cacao nacional (Theobroma cacao L.) de Ecuador. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster Scientiae, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza CATIE, Programa de Educación para el Desarrollo y la Conservación, Escuela de Postgrado, Turrialba. Costa Rica. pp. 1-132.

 Sneath, P. H. A., y Sokal, R. R. (1973). Numerical Taxonomy: the principles and practice of numerical classification. San Francisco: Freeman. 573p.

 Palacio, D. (2007). Caracterización (fingerprinting) de clones de Theobroma cacao L., de interés comercial de la zona cafetera marginal baja (ZCMB) utilizando marcadores tipo fAFLP. Trabajo de Grado para optar al título de Magíster en Ciencias Biológicas, Área Biología Molecular de Plantas, Departamento de Ciencias Biológicas, Facultad de Ciencias Universidad de los Andes, Bogotá. pp. 1-104.

 Tolares, S., Marcucci, P., y Harrond, L. (2005). Identificación genética de clones en Eucalyptus grandis utilizando Microsatélites. Instituto de Recursos Biológicos CNIA, INTA Castelar.

 Virk, P., Ford-Lloyd, B., Jackson, M., y Newbury, J. (1995). Use of RAPD for the study of diversity within plant germplasm collections. Heredity, 74, 170-179.